Les diferents proves a realitzar es podran escollir entre les següents: (1) Prova de resposta múltiple: Examen final tipus test de 40-60 preguntes de teoria amb 4-5 respostes possibles, de les quals una sola és la veritable, en què s'aplicarà un índex de correcció de 0,25. La durada màxima de la prova serà d'1 hora. (2) Prova de preguntes curtes de desenvolupament: es proposen a l'alumne 5-15 preguntes curtes de desenvolupament teòric que ha de realitzar en el termini màxim d'1 hora. (3) Prova pràctica a l'aula d'informàtica on es proposen 2 problemes de tipus pràctic dels quals l'alumne haurà de resoldre només 1 a la seua elecció. Per això tindrà a la seva disposició tots els programes locals i Web necessaris, així com els accessos a les bases de dades i recursos d'Internet disponibles, disposant d'un màxim de 3 hores per a la seua realització. (4) Prova de valoració d'informes de pràctiques: els informes de pràctiques es dipositen de forma digital en els servidors del departament i serviran perquè el professor pugui tenir una millor valoració diària de l'alumne. El professor valorarà la capacitat de l'alumne de comprendre els continguts pràctics mitjançant una prova curta de resposta múltiple o mitjançant la valoració dels informes de pràctiques. (5) Tècniques d'observació: l'assistència a classe i la participació de l'alumne en tutories, seminaris, i classes pràctiques de problemes i exercicis seran tingudes en compte pel professor que es valorarà en l'avaluació final.
L'assistència a pràctiques es valorarà especialment, podent suposar la impossibilitat d'aprovar l'assignatura si no es supera un 50% d'assistència a les mateixes. El lliurament dels exercicis pràctics també es valorarà positivament. Tots els exàmens de teoria i les pràctiques es qualificaran sobre 10 punts. La nota final de l'alumne estarà composta en un 75% per la part de teoria i en un 25% per la part pràctica. La nota de teoria estarà composta en la seua totalitat per la prova de resposta múltiple. En cas d'existir un examen de resposta curta, aquest comptarà un 25% de la nota final, reduint-se la contribució de l'examen tipus test al 50% de la nota final. A la part de teoria l'alumne tindrà opció de realitzar un examen parcial a meitat del quadrimestre consistent en aproximadament la meitat de la matèria. Es permetrà eliminar matèria de cara a l'examen final, sempre que la nota sigui igual o superior a 6 punts sobre 10. La nota de la part pràctica (25%) es compondrà d'un 30% corresponent a la valoració de l'informe de pràctiques i l'assistència a les mateixes, un 35% corresponent a les pràctiques de bioinformàtica i un 30% de la feina o seminari. Per la compensació amb la nota de pràctica, l'alumne haurà de tenir una nota igual o superior a 4.0 a l'examen teòric.
La nota de pràctiques es guardarà un màxim de dos cursos acadèmics.